Naprzód powstał w 1928 roku z inicjatywy grupy działaczy sportowych. Swoje pierwsze mecze rozgrywał na boisku położonym obok klasztoru Cystersów. W 1931 roku Jędrzejów został objęty przez podokręg kielecki. W pierwszych mistrzostwach rozegranych w sezonie 1945 jędrzejowianie występowali w klasie B, w której uplasowali się na trzeciej lokacie. Rok później wywalczyli awans do klasy A. W latach 50. rywalizowali naprzemiennie w tych ligach, a nazwa drużyny ulegała częstym zmianom. Do nazwy Naprzód powrócono w 1957 roku, kiedy prezesem był Edward Lipowski, a wiceprezesem Ryszard Osiński. Rok później zespół uzyskał promocję do klasy okręgowej, a po spadku do klasy A występował w niej do 1967 roku. W tym okresie wybudowano nowy stadion, który poprawił warunki przeprowadzanych meczów i treningów. Po dwóch udanych sezonach, w których Naprzód zajmował czołowe miejsca w lidze okręgowej, nastąpił kryzys i drużyna spadła do klasy A.
W latach 70. klub uczestniczył w rozgrywkach klasy wojewódzkiej. W sezonie 1977/1978 zespół został mistrzem województwa i wywalczył historyczny awans do III ligi. Najskuteczniejszym zawodnikiem był Zygmunt Kowalczyk, który z dorobkiem 18 goli został królem strzelców. Z jednym trafieniem mniej za jego plecami znalazł się Stanisław Magiera, inny napastnik Naprzodu. Drużyna nie wytrzymała jednak tempa trzecioligowej rywalizacji. Z dorobkiem 28 punktów została zdegradowana. Trafiła do nowo utworzonej IV ligi międzyokręgowej, w której przeciwnikami były zespoły z województwa radomskiego i tarnobrzeskiego. Uplasowała się w niej na drugim miejscu, jednak likwidacja ligi spowodowała, że klub znalazł się w lidze okręgowej. W kolejnych latach Naprzód rywalizował z innymi drużynami w klasie A, zaś w 1989 roku powrócił w szeregi zespołów ligi okręgowej. Dwa lata później awansował do IV ligi międzyokręgowej i grał w niej do sezonu 1999/2000, kiedy została zlikwidowana. 24 listopada 1998 roku został odznaczony przez Polski Związek Piłki Nożnej "Złotą Odznaką Honorową PZPN". W nowo powstałej IV lidze świętokrzyskiej klub z Jędrzejowa radził sobie różnie. W sezonie 2006/2007 Naprzód zaliczany był do grona faworytów. W rundzie jesiennej przegrał jedno spotkanie, również wiosną zanotował jedną porażkę, z Czarnymi Połaniec. Prezes Henryk Wojda zatrudniając na stanowisku trenera Roberta Stachurskiego oraz umiejętnie wzmacniając skład zapewnił klubowi powrót do III ligi po 29 latach. Wśród drużyn trzecioligowych Naprzód uplasował się na 13. miejscu, a w wyniku reformy rozgrywek od sezonu 2008/2009, dziewięć ostatnich zespołów zostało zdegradowanych. W sezonie 2009/2010 klub zajął jedno z sześciu miejsc spadkowych w III lidze, grupie małopolsko-świętokrzyskiej, ale Komisja do Spraw Nagłych Polskiego Związku Piłki Nożnej przyjęła wniosek Świętokrzyskiego i Małopolskiego Związku Piłki Nożnej o pozostawienie w sezonie 2010/2011 osiemnastu zespołów, co spowodowało, że degradacji uniknął Naprzód i Górnik Wieliczka.
W rozgrywkach ligowych klub występował pod nazwami Partyzant, Sztubak, Start, Gwardia, Spójnia, Sparta, Naprzód.
Przez długi okres swojej działalności oficjalnymi barwami zespołu były bordowy i stalowy. W latach 90-tych zmieniono barwy na zółto-czarne. W maju 2009 roku zdecydowano się jednak powrócić do bordowo-stalowych barw i herbu zespołu na wzór tego z początku istnienia nazwy Naprzód. Zmiany barw nie przypadły jednak do gustu wszystkim fanom Naprzodu. 26 lipca 2017 jednogłośną decyzją zarządu klub powrócił do zółto-czarnych barw klubowych przywracając jednocześnie żółty herb jako oficjalny.
Sukcesy:
❶ Awans w sezonach 1977/1978 i 2006/2007 do trzeciej ligi.
❷ W sezonie 1972/1973 Naprzód zajął 2 miejsca w 4 lidze.
❸ W sezonie 2007/08 Naprzód wygrał rozgrywki Pucharu Polski na szczeblu wojewódzkim.